Zur regelmäßigen Berichterstattung im Rahmen eines EU-Projekts gehört die Einreichung einer Bescheinigung über die Kostenaufstellung (Auditzertifikat), welche dem Nachweis der korrekten Abrechnung aller erstattungsfähigen Kosten dient. Die Bescheinigungen (Zertifikate) über die Kostenaufstellung müssen im 7. Rahmenprogramm für EU-Beiträge ab EUR 375.000 (kumulativ) pro Partner von einem Wirtschaftsprüfer erstellt werden. Bei Projekten mit einer Laufzeit von 2 Jahren oder weniger ist eine Prüfbescheinigung von den Partnern grundsätzlich erst am Ende der Projektlaufzeit vorzulegen, wenn der kumulierte EU-Beitrag EUR 375.000 überschreitet.

Unter Auftragsforschung versteht man das wissenschaftliche Forschen im Auftrag eines privatwirtschaftlichen Mittelgebers. Das Ziel des Forschungsauftrages wird hierbei vom Auftrag-/Mittelgeber vorgegeben und die Forschungsresultate sowie auch die Publikations-, Schutz-, Urheber-, Nutzungs- und Verwertungsrechte sind ausschließlich dem Auftraggeber vorbehalten. Die vorgenannten Inhalte werden in einem Forschungs- und Entwicklungsvertrag  (F&E) festgelegt, bei dem die Universität und nicht der Wissenschaftler als Vertragspartner fungiert. Die Auftragsforschung stellt eine wirtschaftliche Tätigkeit im Sinne der Trennungsrechnung dar und ist umsatzsteuerpflichtig (siehe FAQ).

Als Drittmittelprojekte bezeichnet man im Wissenschaftsbetrieb jene  Forschungsvorhaben, die nicht aus dem Etat der vom zuständigen Ministerium für die Universität bereitgestellten Mittel finanziert werden.

Einzelkosten bezeichnen in der Kostenrechnung Kosten, welche einem Bezugsobjekt (meist Kostenträger) direkt zurechenbar sind.

Als EU-Projekte bezeichnet man im Wissenschaftsbetrieb jene Forschungsvorhaben oder Forschungskooperationen, die von der EU finanziert werden.

Beihilfe ist ein Begriff des EU-Rechts, er ist weiter als der Begriff der Subvention. Als Beihilfe sind danach alle staatlichen oder aus staatlichen Mitteln finanzierte Maßnahmen anzusehen, die in verschiedener Form die Belastungen vermindern, die ein Unternehmen normalerweise zu tragen hat.

Gemeinkosten im Sinne der Kostenträgerrechnung sind alle innerhalb der Universität anfallenden Kosten, die dem Kostenträger nicht direkt zuzuordnen sind. Typisch hierfür sind Gehälter und Löhne, die in der Verwaltung und den Zentralen Einrichtungen anfallen. Ebenso gehören zu den Gemeinkosten auch die Kosten der Energieversorgung, wenn diese nicht dem Produkt direkt zugeordnet werden können (z.B. für Raumheizung und Beleuchtung), und Versicherungen, Beiträge zu Verbänden oder gewinnunabhängige Steuern (z.B. Grundsteuer).

Erfassung, Verteilung und Zurechnung von Kosten, die bei der betrieblichen Leistungserstellung und -verwertung entstehen. Zweck der Kostenrechnung istu.a. die Wirtschaftlichkeitskontrolle und die Erstellung einer Kalkulationsgrundlage für Vertragsverhandlungen. Die Kostenrechnung ist Teil des internen Rechnungswesens.

Kostenträger sind in aller Regel die „Endprodukte“ (Bsp.: Studienabschlüsse, Forschungsergebnisse aus Projekten), denen mit Hilfe der Kostenrechnung die verschiedenen Kosten zugerechnet werden. Kostenträger sind alle von der Universität erstellten Leistungen. Sie haben als Kalkulationsobjekte der Kostenträgerrechnung alle Kosten zu "tragen".

Instrument der Wirtschaftspolitik; an Empfangs-, Verhaltens- oder Verwendungsauflagen geknüpfte, direkte Geldleistung (Finanzzuweisung) oder indirekte, geldwerte Leistung des Staates (Steuervergünstigung an Unternehmen (und auch Haushalte) ohne marktwirtschaftliche Gegenleistung (Marktwirtschaft).  

Unter Systemen der Teilkostenrechnung versteht man in der betriebswirtschaftlichen Kostenrechnung Systeme, die nur einen Teil der angefallenen Kosten auf den Kostenträger verrechnen. Je nach System werden dem Kostenträger in der Regel lediglich die direkten Kosten (Einzelkosten) zugeordnet, um so eine Verrechnung von indirekten Kosten (Gemeinkosten) zu vermeiden, wie sie bei den Systemen der Vollkostenrechnung praktiziert werden.

Unter dem Begriff der Trennungsrechnung ist eine Abgrenzung wirtschaftlicher von nicht-wirtschaftlichen Tätigkeiten einer Hochschule zu verstehen. Durch diese Trennung sollen Quersubventionierungen gemäß EU-Beihilferecht vermieden werden.

Die Vollkostenrechnung bezeichnet alle jene Systeme der Kostenrechnung, bei denen sämtliche Kosten auf den Kostenträger verrechnet werden. Sie befindet sich damit im Gegensatz zur Teilkostenrechnung.